ساخت این بنا به نقل عالم معاصرمحدث نوری به فردی به نام شیخ حسن بن مثله جمکرانی مربوط می‌شود، به گفته او که در بیداری با امام دوازدهم شیعیان، مهدی دیدار کرده است و حجت بن حسن دستور ساخت مسجد را به وی داده است.

برخی نیز برای تأیید این مسجد، داستانهایی از برخی علماء بزرگ شیعیان همچون آیت‌الله بروجردی نقل کرده‌اند.

حسن بن مثله جمکرانی در روایت مشهوری که به‌نظر می‌آید تنها سند موجود و معتبر برای ساخت این مسجد باشد چنین می‌گوید:

"من شب سه شنبه، ۱۷ ماه مبارک رمضان سال ۳۹۳ ق در خانه خود خوابیده بودم که ناگاه جماعتی از مردم به در خانه من آمدند و مرا از خواب بیدار کردند و گفتند:برخیز و مولای خود، مهدی را اجابت کن که تو را طلب نموده است.
آنها مرا به محلی که اکنون مسجد جمکران است آوردند، چون نیک نگاه کردم، تختی دیدم که فرشی نیکو بر آن تخت گسترده شده، جوانی سی ساله بر آن تخت تکیه بر بالش کرده و پیرمردی هم نزد او نشسته است، آن پیر، خضر نبی بود که مرا امر به نشستن نمود، حضرت مهدی مرا به نام خودم خواند و فرمود:

برو به حسن مسلم (که در این زمین کشاورزی می‌کند) بگو، این زمین شریفی است و حق تعالی آن را از زمین‌های دیگر برگزیده است و دیگر نباید در آن کشاورزی کند. عرض کردم: یا سیدی و مولای! لازم است که من دلیل و نشانه‌ای داشته باشم و گرنه مردم حرف مرا قبول نمی‌کنند  فرمود: تو برو و آن رسالت را انجام بده، ما نشانه‌هایی برای آن قرار می‌دهیم، و همچنین نزد سید ابوالحسن (یکی از علمای قم) برو و به او بگو حسن مسلم را احضار کند و سود چند ساله را که از زمین به دست آورده است، وصول کند و با آن پول در این زمین مسجدی بنا نماید. به مردم بگو به این مکان رغبت کنند و آنرا عزیز دارند و چهار رکعت نماز در آن گزارند..."